Depuis janvier 2011, le Mécanisme de Whakatane a fait l’objet de deux évaluations pilotes : la première au Mont Elgon, au Kenya occidental, et la deuxième dans le Parc national de Ob Luang dans le nord de la Thaïlande. La structure des deux évaluations pilotes était similaire : une première table ronde a réuni les différentes institutions concernées par l'aire protégée afin d'expliquer le concept du Mécanisme de Whakatane et d’effectuer une planification. Cette table ronde fut suivie d’une étude exploratoire de plusieurs jours dans l'aire protégée, afin de rencontrer les communautés et les responsables locaux. Une deuxième table ronde fut ensuite tenue pour présenter les résultats et convenir des recommandations de l'évaluation. Plus d'informations sont disponibles ci-dessous concernant les évaluations pilotes.