El nacimiento del «Mecanismo de Whakatane» fue resultado de una reunión de alto nivel convocada por iniciativa de representantes indígenas y el Forest Peoples Programme o FPP (Programa para los pueblos de los Bosques) con el fin de explorar opciones para apoyar la aplicación de las resoluciones de la UICN relacionadas con los pueblos indígenas.

La reunión se celebró en la conferencia «Compartir el poder» en Whakatane, Nueva Zelanda, en enero de 2011 y asistieron: representantes de pueblos indígenas, los presidentes de tres comisiones de la UICN (la Comisión de Política Ambiental, Económica y Social [CPAES], la Comisión Mundial de Áreas Protegidas [CMAP] y la Comisión de Supervivencia de Especies [CSE]), sus grupos de especialistas Tema sobre Pueblos Indígenas, Comunidades Locales, Equidad y Áreas Protegidas (TILCEPA) y Tema sobre Gobernanza, Equidad y Derechos (TGED), personal de la sede de la UICN y su oficina regional de Oceanía y dos miembros de la UICN: Conservation International y Forest Peoples Programme.

Tras la reunión, la CPAES de la UICN y el FPP iniciaron el «Mecanismo de Whakatane» mediante dos evaluaciones piloto realizadas en Kenia y en Tailandia. Basándose en la experiencia de las dos evaluaciones piloto, una serie de instituciones elaboraron un plan más preciso para la aplicación del Mecanismo de Whakatane: miembros de la UICN, el Programa Mundial de Áreas Protegidas de la UICN, el Programa del Patrimonio Mundial, programas regionales y algunas comisiones de la UICN, especialmente la CMAP y la CPAES.